🔒Открыть пост
и посмотреть медиа
и посмотреть медиа
Рубрика "Утренняя статья"
CellForge: Агентное проектирование моделей виртуальных клеток
(CellForge: Agentic Design of Virtual Cell Models)
cсылка
CellForge — это автономная система искусственного интеллекта, использующая многоагентный подход для создания виртуальных моделей клеток на основе естественных языковых описаний и данных одиночных клеток.
Система переводит цели и "сырые" данные в оптимизированные вычислительные модели, что позволяет автоматизировать процесс моделирования биологических механизмов.
Основная проблема, решаемая системой, заключается в необходимости построения вычислительных моделей, способных предсказывать клеточные ответы на различные воздействия при учёте сложности биологических систем и многограмматности данных. Для этого CELLFORGE использует агентов — объекты программы, выполняющие отдельные задачи автономно — которые, обладая специализированными экспертными знаниями, совместно разрабатывают оптимальные стратегии моделирования.
Методика системы включает три ключевых этапа:
1. Определение сути биологических данных и сбор релевантной литературной информации.
2. Коллективное проектирование моделей с участием экспертов и координатора.
3. Автоматическая генерация и отладка кода для обучения моделей.
Применение данного подхода позволило снизить среднюю квадратичную ошибку до 49% и улучшить коэффициент корреляции Пирсона до 20% по сравнению с современными методами, такими как ChemCPA, при моделировании лекарственного воздействия. Кроме того, на сложных данных scATAC-seq наблюдается 16-кратное увеличение корреляции по дифференциально экспрессируемым генам. В будущем система может быть расширена на другие области биологии, включая пространственную транскриптомику, протеомику и мультиомику, а также пройти проверку в экспериментальных лабораторных условиях.
#статья